پس از تغییرات مدیریتی در مناطق آزاد تجاری، گزارشاتی از موج تخلفات در این مناطق منتشر شد که مهم‌ترین آن مربوط به تخلفات گسترده مالی در منطقه آزاد قشم بود؛ منطقه‌یی که بنا به گفته مدیرعامل جدید آن، در دوره‌های قبل به‌شدت غارت شده بود.
اما پس از ارزیابی و رسیدگی به تخلفات و تشکیل پرونده برای برخورد با فساد در این منطقه، اخیرا دبیر شورای هماهنگی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی برای بازگرداندن اراضی فروخته شده قشم به افراد خاص و سازمان‌های دولتی در دولت قبل، اعلام کرد که اراضی فروخته شده بازپس گرفته شده و به بیت‌المال بازگردانده می‌شود.
روزنامه اعتماد افزوده که به دنبال کشف تخلفات گسترده و فساد در سازمان منطقه آزاد قشم که حاصل آن فروش اغلب زمین‌های این منطقه به افراد نامعلوم و هدر رفت منابع بیت المال بود، مسوولان مربوطه در این منطقه و همچنین دبیرخانه شورای هماهنگی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، درصدد پیگیری موضوع و برخورد قضایی با متخلفان برآمدند. در همین راستا روز گذشته مدیرعامل منطقه آزاد قشم از دستور و پیگیری ویژه دبیر شورای هماهنگی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی برای بازگرداندن اراضی فروخته شده قشم به افراد خاص و سازمان‌های دولتی در دولت گذشته خبرداد و گفت: حجم اموالی که باید به بیت‌المال برگردد، چندین هزار میلیارد تومان است. شهریار مشیری از دستور ویژه دولت برای مبارزه با مفاسد اقتصادی در قشم خبرداد و گفت: متاسفانه در دولت قبل، منطقه آزاد قشم محلی برای فروش زمین، املاک و اراضی به اشخاص خاص بوده و هیچ فکری برای توسعه جزیره صورت نگرفته است، به این معنا که قشم حیاط خلوتی برای برخی مقامات و سازمان‌های دولتی بوده است.

مدیرعامل سازمان منطقه آزاد قشم افزود: در سال‌های گذشته، قشم باراندازی برای واردات کالا برای فرار از مالیات و سوءاستفاده‌های مالی بوده است؛ ولی هم‌اکنون به‌شدت با مفاسد اقتصادی مبارزه بی‌امانی صورت می‌گیرد. وی تصریح کرد: تمام تلاش ما بازگرداندن اموال به جیب بیت المال است، این در حالی است که برآورد شده که حجم این اموال بیش از چندین هزار میلیارد تومان است.

پیش از این مدیرعامل سازمان منطقه آزاد قشم درباره تخلفات کشف شده در این منطقه به «اعتماد» گفته بود: طی سال‌های اخیر در این منطقه یک مافیای سردرگم اقتصادی شکل گرفته که به صورت گسترده به غارت اموال منطقه پرداخته که اغلب آن نیز در حوزه خرید و فروش زمین بوده است. براین اساس بخش وسیعی از اراضی این جزیره با زد و بند به افرادی فروخته شده اما در ازای آن پولی به حساب سازمان منطقه آزاد واریز نشده است.

اما این یکی از حوزه تخلفات صورت گرفته بود چراکه علاوه بر این، اعلام شد که با تحویل گرفتن سازمان منطقه آزاد قشم، حجم وسیعی چک‌های وصول نشده در این سازمان کشف شده است. به طوری که گفته شده بود حدود چهار گونه چک وصول نشده در این ارتباط کشف شده است. موضوع دیگر، اقداماتی در جهت صحنه‌سازی برای اخذ تسهیلات میلیاردی از بانک‌های منطقه آزاد قشم بود. در این خصوص، فردی برای خریدن شش فروند کشتی با یک بانک وارد مذاکره شد و با برگزاری مانور کشتی‌ها در دریا و قبولاندن تصویب گرفتن وام به کارشناس بانک، افزون بر ۵۰ میلیون دلار تسهیلات گرفت ولی بعد ادعا کرد که کشتی‌ها دزدیده شده است.

براین اساس، مسوولان کنونی عزم خود را جزم کردند تا به این تخلفات صورت گرفته در قشم طی سال‌های اخیر رسیدگی کرده و با تشکیل پرونده قضایی، موضوع را رسیدگی کنند.